De fato, porém, a pretensão de restabelecer as competências originais do AGCRJ não se concretizou naquela época. Apenas recentemente, o chefe do executivo municipal, por meio do Lei nº 3.404, de 5 de junho de 2002, determinou que o órgão se tornasse o gestor da Política de Arquivos e do Sistema de Memória da Cidade.
Por Política Municipal de Arquivos Públicos e Privados entende-se o conjunto de objetivos, princípios, diretrizes e programas elaborados e executados pelo Poder Executivo municipal, de forma a garantir a gestão, a preservação, o acesso aos documentos públicos municipais e a proteção especial a arquivos privados de interesse público para a cidade.
Assim sendo, a instituição, a partir de janeiro de 2003, com a publicação de um novo Decreto, de nº 22.615, que regulamente a Lei nº 3.404, o AGCRJ teve ratificada as suas competências de elaborar, implantar e acompanhar a execução da Política Municipal de Arquivos Públicos e Privados, no âmbito do Poder Executivo do município e de fazer a gestão documental dos órgãos e entidades da administração pública municipal.
De forma a melhor cumprir com as novas responsabilidades, o Arquivo da Cidade, pelo Decreto nº 22.614, de 30 de janeiro de 2003, foi transferido do Departamento de Documentação e Informação Cultural, posteriormente extinto, para o Gabinete da Secretaria Municipal de Cultura.
A partir de 2011 são atribuídas novas funções aos arquivos públicos, viabilizadas pela promulgação da Lei de Acesso à Informação - LAI (Lei 12.527/2011) pelo Governo Federal. Entrando em vigor no dia 16 de maio de 2012, a nova legislação abrange os três Poderes da União, Estados, Distrito Federal e Municípios, além dos Tribunais de Conta e do Ministério Público.
Em decorrência desta lei, o Arquivo da Cidade promoveu no dia 10 de dezembro de 2012 o I Workshop de Gestão Documental, com o objetivo básico de preparar, orientar e capacitar os órgãos da PCRJ para lidar com as novas políticas de acesso à documentação no âmbito municipal.
Antes da vigência da LAI e do Decreto municipal 35.606/2012, que a regulou no âmbito da Prefeitura do Rio, a transparência já era uma das premissas básicas do Arquivo Geral da Cidade do Rio de Janeiro, que desde 2005 vem desenvolvendo atividades no sentido de possibilitar o amplo acesso à informação produzida pelo executivo municipal.
Fruto da importância adquirida pelos arquivos como ferramenta de transparência em sua relação Cidadão/Administração Pública, em janeiro de 2013 o Arquivo Geral da Cidade do Rio de Janeiro inicia uma nova fase, vinculando-se à Secretaria Municipal da Casa Civil, por meio do Decreto nº 36.689 de 1º de janeiro de 2013 e alcançando maior agilidade no recolhimento da documentação produzida pela administração pública municipal.