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A estrutura organizacional da Prefeitura é dividida da seguinte maneira:

• A Administração Direta, que compreende todas as Secretarias Municipais, como a Secretaria Municipal de Educação, a Secretaria Municipal de Saúde e a Secretaria Municipal do Meio Ambiente;
• A Administração Indireta, que é composta pelas Autarquias (como o Instituto Pereira Passos), Empresas Municipais (como a Comlurb) e Fundações Municipais (como a Geo-Rio).

No Sistema Integrado de Codificação Institucional (SICI), o cidadão poderá realizar a consulta de todos os órgãos da Prefeitura, sua localização e seus dirigentes (até o 3º grau de hierarquia), bem como suas competências e de seus setores.