O acervo museológico do MUHCAB inclui itens de pintura e escultura de diferentes momentos da história carioca e de diversos momentos da história do prédio-sede, desde sua criação como Escola José Bonifácio até o período em que foi Centro Cultural, tendo sido também agente em momentos da história do movimento negro do Rio de Janeiro. Ele inclui pinturas dos mestres Heitor dos Prazeres e Manezinho de Araújo, assim como de figuras como Nelson Sargento e artistas locais envolvidos com o Centro Cultural José Bonifácio. Além das fotografias institucionais referentes ao período de atuação do Centro Cultural José Bonifácio, seu acervo fotográfico inclui ainda a coleção pertencente ao Centro de Estudos da Fundação Nacional de Artes Cênicas (FUNDACEN) e o acervo doado pela atriz Ruth de Souza.