É competência da Gerência de Pesquisa implementar pesquisas históricas com o objetivo de recuperar aspectos e temas significativos da História da Cidade do Rio de Janeiro, procedendo também a investigações para subsidiar o tratamento técnico do acervo documental institucional e a tomada de decisões pelo Poder Executivo municipal.
São também suas atribuições a produção de conhecimento sobre a cidade, através de pesquisa que subsidia a elaboração de textos, artigos e livros, e a organização e divulgação das ações culturais realizadas pelo AGCRJ, tais como seminários, exposições, concursos de monografias e publicações, entre elas a Revista do Arquivo Geral da Cidade do Rio de Janeiro.
Além dessas funções, a Gerência de Pesquisa tem a incumbência de supervisionar o funcionamento da Subgerência de Biblioteca, atualizando e preservando o seu acervo, constituído de livros, monografias, dissertações, teses e periódicos especializados na história da cidade.
As publicações coordenadas por esta Gerência podem ser acessadas na seção Publicações, pelos links Coleção Memória Carioca e Revista do Arquivo Geral da Cidade do Rio de Janeiro. O setor é também responsável por elaborar o Dicionário Biográfico da Administração Pública Municipal, em breve disponível para acesso.